Science & Secrecy

>>2 のコメントはおそらくHumanity's Hope（人類の希望）への感想ではないだろうか。
Science & Secrecyは >>1 にある通り、最終ミッションであるNuclear Familyが開始した直後に初めて流れるフラグが立つので、潜入時に聴くことはできない。

111はこの物悲しい曲を背景にショーンを看取ることになる。
「あなたがどんな人なのか何年も想像していた　失った時間に想いを巡らせたりもした」
「わかって欲しい　一緒に過ごすことが出来て幸せだった」
「ありがとう父さん（母さん）　息子の夢を叶えさせてくれたんだ」

「科学と秘密」の秘密とは、科学に全てを捧げ一人で生きてきたショーンの人生には許されなかった、親に甘えたい、家族と過ごしたいというささやかな願いだったのかもしれない。

Science & Secrecyは簡単に訳してしまえば、科学と秘密。
連邦の人々にとって人造人間などの問題を起こしているインスティチュートは名の知れた組織である。
しかし、本拠地は111が見つける200年もの間秘匿されてきた、まさしく秘密の科学組織（学会）である。
そんなインスティチュートのテーマ曲名としては最適なのかもしれない。

インスティチュートに潜入し始めた１１１にとっては、地上とは違い衛生的で綺麗な景観の建物内でを探索しながら、ふ～んと聞き流す程度の静かな音量の曲である。

・・・が、インスティチュートのルートでショーンを失った後にふと耳にすると、哀しいような、寂しいような気分になるBGMに様変わりするかもしれない。

インスティチュート内にいると流れるBGM

インスティチュートのテーマ曲は2つで、
前者は「Humanity's Hope」後者は「Science & Secrecy」となっており、
このBGMが流れるのはインスティチュートでメインクエストを
クリアした後になる。

・・・組織のテーマというより息子への鎮魂歌といったところだろうか